康熙年间平定准格尔

到噶尔丹把卫拉特时，在吞并了新疆境内的杜尔伯特和原隶属于土尔扈特的辉特部后，进占青海的和硕特部，又攻占了南疆维吾尔族聚居的诸城。随着准噶尔势力范围的不断扩大，噶尔丹分裂割据的野心愈益膨胀。

此时，正是沙皇俄国疯狂向外扩张的时期，为达到侵略中国西北边疆的罪恶目的，对噶尔丹进行拉拢利诱。 康熙二十六年（1687年）底，沙俄参加中俄边界谈判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，阴谋策动噶尔丹叛乱，支持他进攻喀尔喀蒙古。在沙皇俄国的唆使下，噶尔丹终于率兵进攻喀尔喀蒙古，发动了一场旨在分裂祖国的叛乱。

康熙二十七年（1688年），噶尔丹亲率骑兵3万自伊犁东进，越过杭爱山，进攻喀尔喀，占领整个喀尔喀地区。喀尔喀三部首领仓皇率众数十万分路东奔，逃往漠南乌珠穆沁（今内蒙古乌珠穆沁旗）一带，向清廷告急，请求保护。康熙一面把他们安置在科尔沁（今内蒙古科尔沁旗）放牧，一面责令噶尔丹罢兵西归。但噶尔丹气焰嚣张，置之不理，反而率兵乘势南下，深入乌珠穆沁境内。对于噶尔丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵马，严行防堵，一面调兵遣将，准备北上迎击。

乌兰布通之战

康熙二十九年（1690年）六 月，康熙决定亲征，其部署是分兵两路出击：左路军出古北口（今河北滦平南），右路军出喜峰口（今河北宽城西南），从左右两翼迂回北进，消灭噶尔丹军于乌珠穆沁地区。

康熙亲临博洛和屯（今内蒙古正蓝旗南）指挥。同时令盛京将军（治所今辽宁沈阳）、吉林将军（治所今吉林市）各率所部兵力，西出西辽河、洮儿河，与科尔沁蒙古兵会合，协同清军主力作战。

右路军北进至乌珠穆沁境遇噶尔丹军，交战不利南退。噶尔丹乘势长驱南进，渡过西拉木伦河，进抵乌兰布通。清左路军也进至乌兰布通南，康熙急令右路军停止南撤，与左路军会合，合击噶尔丹于乌兰布通，并派兵一部进驻归化城（今内蒙古呼和浩特），伺机侧击噶尔丹归路。

乌兰布通位于克什克腾旗（今内蒙古翁牛特旗西南）之西。该地北面靠山，南有高凉河（西拉木伦河上游的支流），地势险要。噶尔丹背山面水布阵，将万余骆驼缚蹄卧地，背负木箱，蒙以湿毡，摆成一条如同城栅的防线，谓之“驼城”，令士兵于驼城之内，依托箱垛放枪射箭。清军以火器部队在前，步骑兵在后，隔河布阵。八月初一中午，交战开始 。

清军首先集中火铳火炮，猛烈轰击驼阵，自午后至日落，将驼阵轰断为二，然后挥军渡河进攻，以步兵从正面发起冲击，又以骑兵从左翼迂回侧击，噶尔丹大败，仓皇率全部撤往山上。次日，遣使向清军乞和，乘机率残部夜渡西拉木伦河，狼狈逃窜，逃回科布多（今蒙古吉尔噶朗图）时只剩下数千人。

昭莫多之战

噶尔丹自乌兰布通失败后，公裂叛乱之心未死，他以科布多为基地，招集散亡人员，企图重整旗鼓，东山再起。为防御噶尔丹再次进攻，康熙采取了以下措施：调整部署，加强边境守备；巡视漠北诸部，举行多伦会盟，稳定喀尔喀蒙古上层，将逃居漠南的喀尔喀蒙古分为左中右三路，编为37旗；设立驿站和火器营，沟通内地与漠北地区的联络，专门训练使用火铳火炮。

康熙三十三年，清廷诏噶尔丹前来会盟，噶尔丹抗命不至，反而遣兵侵入喀尔喀，康熙遂决定诱其南下一战歼之。为使此次作战顺利进行，清军在战前做了充分准备：调集兵马，征调大批熟悉情况的蒙古人为向导，随军携带5个月口粮，按每名士兵配备一名民夫四匹马的标准，组成庞大的运输队，备有运粮大车6000辆，随军运送粮食、器材；筹备大量防寒防雨器具，准备大批木材、树枝，以备在越过沙漠和沼泽地时铺路。

康熙三十四年九月，噶尔丹果然率3万骑兵自科布多东进，沿克鲁伦河东下，扬言借得俄罗斯鸟枪兵6万，将大举内犯。 在此形势下，康熙决定再次亲征，次年二月，调集9万军队，分东中西三路进击：东路9000余人，由黑龙江将军萨布素率领越兴安岭西进，出克鲁伦河实行牵制性侧击；

西路4.6万人由抚远大将军费扬古为主将，分别出归化、宁夏（今宁夏银川），越过沙漠，会师于翁金河（今蒙古德勒格尔盖西）后北上，切断噶尔丹军西逃科布多之路；康熙自率中路3.4万人出独石口（今河北沽源南）北上，直指克鲁伦河上游，与其他两路约期夹攻，志在歼灭噶尔丹军于克鲁伦河一带。

三月，康熙率中路军出塞。五月初，经科图（今内蒙古苏尼特左旗北）继续渡漠北进，逐渐逼近敌军。噶尔丹见康熙亲率精锐前来，又闻西路清军已过土剌河，有遭夹击的危险，便连夜率部西逃。五月十三日，清西路军进抵土剌河上游的昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南），距噶尔丹军15公里扎营。昭莫多，蒙语为大森林，位于肯特山之南，土剌河之北，汗山之东。

费扬古鉴于清军长途跋涉，饥疲不堪，决定采取以逸待劳、设伏截击的方针，以一部依山列阵于东，一部沿土剌河布防于西，将骑兵主力隐蔽于树林之中；振武将军孙思克率步兵居中，扼守山顶。战斗开始后，清军先以400骑兵挑战，诱使噶尔丹军入伏。噶尔丹果然率兵进击，企图攻占清军控制的山头。

孙思克率兵据险防守，双方激战一天，不分胜负。此时费扬古指挥沿河伏骑分兵一部迂回敌阵，另一部袭击其阵后家属、辎重，据守山头的孙思克部也奋呼出击。噶尔丹军大乱，夺路北逃，清军乘夜追击15公里以外，俘歼数千人，收降3000人，击毙噶尔丹之妻阿奴。噶尔丹仅率数十骑西逃 。

在噶尔丹率军东侵喀尔喀之际，其后方基地伊犁地区被其侄策妄阿拉布坦所袭占。加之连年战争，噶尔丹“精锐丧亡，牲畜皆尽”，噶尔丹兵败穷蹙，无所归处，所率残部不过千人，旦羸弱不堪，内部异常混乱。康熙三十六年二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自杀而死，至此康熙时期平定噶尔丹叛乱之战始告结束，喀尔喀地区重新统一于清朝。

安定西藏

噶尔丹死后，策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又滋长了分裂割据的野心，沙皇俄国也积极支持其叛乱。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤（今新疆巴里坤）、哈密等军事重镇，并派兵侵入西藏，进行分裂叛乱活动。由于康熙及时派兵进藏协同藏军进行围剿，才将策妄阿拉布坦叛乱势力赶出西藏。