1、改编一：武媚娘身怀李世民遗腹子
史实：武媚娘从未怀过李世民孩子，反而在李世民病重时与太子私通
在剧中，武媚娘刚入感业就怀有身孕，剧中改编成了李世民的遗腹子，她以太妃身份再度回宫。但是历史上武媚娘从未怀过李世民孩子，这个孩子本来就是李治的。总局认为这一改编违背历史，所以只能靠配音和剪辑改成李治的孩子，所以才会出现跟李治抱抱就怀孕的奇葩剧情。
2、改编二：徐慧由善到恶性情大变，不受宠爱沦为奸妃
史实：徐慧贤良淑德，深受李世民宠爱
剧中将徐慧描述成一代奸妃，从善良到腹黑，徐慧在剧中的性情转变最大。但是历史中唐太宗在长孙皇后死后，一直对徐慧宠爱有加。历史上的徐慧才貌双全，纳为才人。后被封为婕妤，接着又升为充容。贞观末年，唐太宗频起征伐、广修宫殿。徐惠上疏极谏，剖析常年征伐、大兴土木之害。唐太宗认可了她的看法并对她厚加赏赐。唐太宗驾崩，徐惠哀慕成疾，不肯服药，又作七言诗和连珠以示爱慕。永徽元年（公元650年）病逝，年仅二十四，被追封贤妃，陪葬昭陵石室。
3、改编三：武媚娘与李世民战场共进退，杀敌不让须眉
史实：后宫嫔妃不可能上战场。
皇上计划去征讨北方叛军，武媚娘要求一起奔赴前线，后武媚娘一身戎装上战场救李世民。剧中这段剧情过于夸张，武则天是后宫女子，女子上战场本就稀少，更何况她是后宫嫔妃，况且武则天并未得到唐太宗的宠爱，不会有并肩上战场之说。
4、改编四：韦妃通过给狮子骢下药陷害武媚娘，武媚娘杀马救雉奴。
史实：唐太宗时期，狮子骢本就是一匹烈马，不存在下药问题，武媚娘通过铁鞭、锥子、匕首驯服烈马。
剧情中，韦妃通过对唐太宗赠送给武媚娘的狮子骢下药，想来陷害武媚娘。谁知当天雉奴骑上受惊白马，武媚娘为救雉奴杀了白马。史实上武媚娘的狮子骢事件却是一窥武媚娘胆量的重要一课，武媚娘自告奋勇想要驯服白马，对唐太宗要三样东西：第一，铁鞭；第二，铁锤；第三，匕首，说这马如此暴烈，必须用特殊手段。武媚娘的凶狠和胆色可见一斑。
5、改编五：李世民处处维护武媚娘，对其宠爱有加
史实：李世民时期武媚娘并不受宠，做了12年才人
《武媚娘传奇》用57集的篇幅大肆渲染李世民与武媚娘的情投意合，两情相悦，甚至在李世民临死之时，都不忘托付好武媚娘的归宿。但是事实上，14岁的武则天从贞观十一年（637年）入宫开始，就成为唐太宗的才人，唐太宗最初宠爱她，赐名“武媚”，但不久便将她冷落一边。武则天做了12年的才人，地位始终没有得到提升。
6、改编六：李牧与武媚娘青梅竹马，谁知一入宫门深似海
史实：李牧是杜撰出来的，史上无此人
剧中，媚娘和李牧在甘露殿门口相遇，且这对恋人一直被描述成青梅竹马的一对。李牧更不惜为媚娘劫狱，最后李牧在沙场战死，十分悲壮。但剧中这位其中对媚娘人生影响最大的初恋“李牧”，并非真实的历史人物，而是虚构的角色。有一说法是李牧影射的人物是李君羡，但武则天与李君羡也无感情交集，一说是李君羡是玄武门守军，因“女主武氏”预言而死。
7、改编七：李淳风算卦女主武氏，极力奏荐杀尽武氏
史实：李世民一心想除武媚娘 李淳风曾为其解围
李淳风作为左右武媚娘命运的关键人物，在占卦上起了不少作用。虽然是李淳风夜观天象，发现有太白经天，意味着有女主要兴起。但是在唐太宗说要铲除宫中武氏之人后，李淳风说，这可不大好啊，有一句话叫王者不死，您还是别杀了吧。史实上并无剧中的李淳风百般陷害武媚娘，唐太宗百般呵护之说。
8、改编八：韦贵妃骄纵不已多次陷害妃子皇嗣，不得善终
史实：韦贵妃初婚隋朝将军，二婚唐太宗，生有一子一女，善终。
剧中韦贵妃的家族是唐代最重要的士族家族之一。韦妃名列“四夫人”（正一品）之首，多次陷害妃子皇嗣。然而历史中韦贵妃出身京兆韦氏，隋唐之际著名士族家族之一，家世显赫。她第一个丈夫是出身渤海李氏、隋朝大将军、户部尚书李子雄的儿子李珉。613年（隋大业九年），李子雄随杨玄感起兵谋反，兵败后李子雄父子均被杀。621年左右，李世民迎娶韦氏姐妹，韦珪深得太宗宠爱，但是其本人却从未因此骄纵，反而恭谦有加。665年（唐高宗麟德二年），韦珪和越国太妃燕氏陪同高宗到泰山封禅，病逝于河南敦行里第，享年69岁。
9、改编九：高阳公主杀死武媚娘孩子
史实：1、武媚娘自己杀死 2、孩子因体弱夭折
《武媚娘传奇》中，武媚娘的孩子是高阳公主害死的。而历史上，有两种说法，一种是武媚娘掐死自己孩子嫁祸王皇后，然后自己当了皇后，王皇后被贬为平民了。还有一种说法，是孩子天生体弱而夭折。
10、改编十：齐王李佑谋反李世民饶恕，李佑被舅舅殷大人杀死
史实：李佑是被李世民赐死的。
剧中齐王李佑被舅舅殷氏家族蛊惑谋反，还牵连到母亲德妃被杀。李世民命令找到李佑，不得伤害他。但是历史上贞观十七年第五子齐王李祐在齐州起兵谋反，唐太宗李世民愤然提笔写下了一道谴责李祐的手诏。公元643年被唐太宗赐死于内省，贬为庶人。
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