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1936年10月,钟南山出生于南京,父亲钟世藩是中国著名的儿科专家,母亲廖月琴则是广东省肿瘤医院的创始人之一。
1953年,就读于广东实验中学。
1960年,毕业于北京医学院(现北京大学医学部)并留校任教。
1960年7月至1971年8月,担任北京医学院(现北京大学医学部)放射医学教研组助教。
1971年9月至1974年4月,担任广州医学院第一附属医院内科住院医师。
1974年4月至1978年8月,担任广州医学院第一附属医院内科主治医师。
1978年9月至1982年12月,担任广州医学院第一附属医院内科副主任医师、讲师。
1979年至1981年,赴英国爱丁堡大学医学院及伦敦大学呼吸系进修。
1983年1月至1986年12月,担任广州医学院副教授(于1985年后被指定为中央领导保健医生)。
1986年12月至1995年,担任广州医学院呼吸内科教授、硕士生导师。
1987年12月至1992年10月,担任广州医学院第一附属医院院长。
1992年5月至2002年12月,钟南山担任广州医学院院长、党委书记。
1992年2月至1997年12月广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所副研究员
1995年8月,担任北京大学医学部呼吸内科教授、博士生导师。
1995年10月至1996年10月,公派到加拿大蒙特利尔市麦吉尔大学访问学者。
1996年5月,当选为中国工程院院士。
1997年12月至1999年12月广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所主任医师。
1999年12月至2012年10月广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所教授/副所长。
1998年6月,任中国工程院医药卫生工程学部副主任。
2003年,“非典”爆发,以钟南山为代表的医护工作者经长期努力,抗击了非典。
2004年,被评为“感动中国2003年度”十大人物之一。
2005年4月13日,当选中华医学会第23届会长。
2007年,获英国爱丁堡大学荣誉博士学位。
2007年10月,担任呼吸疾病国家重点实验室主任。
2009年7月,担任贵州医科大学名誉院长。
2009年9月10日,被评为“100位新中国成立以来感动中国人物”。
2010年,获澳门科技大学荣誉博士学位。
2012年10至2013年7月,任广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所教授/常务副所长。
2013年7月至今,任广州呼吸疾病研究所所长。
2014年,获颁香港中文大学荣誉理学博士学位。